La agitada vida del Escipión se divide en tres actos geográficos y operativos bien diferenciados: las aguas de la Península, el Caribe y el Sudeste Asiático.

Acto I: Nacimiento y Adiestramiento (1850)

A mediados de 1850, recién comisionado, el buque fue asignado a la Escuadra de Instrucción en el Mediterráneo, bajo el mando general del capitán de navío D. Cristóbal Malleu. En estas patrullas por el Cabo de Creus, el barco sirvió para el adiestramiento avanzado de marinería y guardiamarinas antes de ser considerado apto para cruzar el Atlántico. En octubre de ese mismo año, el gobierno ordenó su separación de la flota de instrucción y su traslado inmediato a la isla de Cuba.

Acto II: El Caribe y el Incidente de la Santabárbara (1850 – 1856)

Asignado al apostadero de La Habana, el navío pasó un lustro realizando labores de escolta bajo el duro clima antillano. Fue comandado en esta etapa por el teniente de navío D. Carlos Valcárcel y Ussel de Guimbarda.

En el año 1855, el Escipión rozó la tragedia. Estando fondeado en La Habana, se declaró un pavoroso incendio a bordo. El fuego amenazó con alcanzar la santabárbara y volar el barco en pedazos (motivo por el cual algunos historiadores como Fernando de Bordejé y Morencos lo dieron por perdido en sus registros). La catástrofe se evitó gracias a la heroica intervención del oficial Cecilio Pujazón y García, quien lideró una partida de rescate hacia las entrañas del buque y extrajo la pólvora antes de que las llamas la alcanzaran.

Tras sobrevivir a este siniestro, el bergantín cruzó de nuevo el Atlántico en 1856 para someterse a una urgente carena y reparaciones mayores en el Arsenal de Cádiz.

Acto III: La Sangrienta Campaña de Filipinas (1856 – 1864)

Reparado en Cádiz, el buque zarpó hacia su destino más letal y definitivo: el Apostadero de Cavite, en las Islas Filipinas.

En este archipiélago, el Escipión se enfrentó a un desgaste implacable. Integrado en una flota que ya contaba con vapores modernos como el Jorge Juan, el bergantín de madera se dedicó a cazar piratas moros del Sultanato de Joló. Sus pesados cañones de 32 libras eran devastadores, pero dependía exclusivamente de los erráticos vientos para interceptar a las rápidas vintas y pancanes piratas, que a menudo huían hacia bajíos infranqueables.

A finales de 1858, el mando fue asumido por el teniente de navío D. Santiago Durán y Lira (futuro Ministro de Marina). Bajo su férreo mando, el navío realizó continuas patrullas de disuasión y castigo, operando al límite de sus capacidades logísticas.